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name: paper-recommender
description: "每日定时推送高质量论文推荐 — PubMed检索 → Hermes+Claude双重评估 → 仅推最优1篇 → HTML深度解读"
version: 2.3.0
author: Hermes
tags: [PubMed, 论文推荐, Claude评估, 文献解读, 科研]
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# 📚 每日论文推荐工作流 (Paper Recommender)
## 职责
根据用户的6个研究兴趣方向，每日定时从PubMed检索近期高质量论文，经过Hermes+Claude双重评估后，**只选最优的1篇**，下载PDF+提取原图，制作公众号风格的HTML深度解读文件并推送。
## 用户研究方向
1. 帕金森病(PD) / GZR18 / α-synuclein
2. 神经炎症 / 小胶质细胞 / 星形胶质细胞
3. 细胞死亡方式 (Mitoxyperiosis / 铁死亡 / 焦亡 / 泛素化降解)
4. 外泌体 / 细胞外囊泡 / 神经退行性疾病
5. 脑缺血 / 脑卒中 / 神经保护
6. 生信分析 / 单细胞测序 / 多组学
## 定时推送安排
| 时间 | 主题 | 关键词 |
|:----:|------|--------|
| 08:00 | PD/帕金森病 | Parkinson's disease, α-synuclein, MPTP, dopamine neuron |
| 11:00 | 神经炎症/胶质细胞 | neuroinflammation, microglia, astrocyte, NLRP3 |
| 13:00 | 细胞死亡/信号通路 | cell death, mitoxyperiosis, ferroptosis, ubiquitination |
| 15:00 | 外泌体/细胞通讯 | exosome, extracellular vesicle, neural, brain |
| 17:00 | 脑缺血/神经保护 | cerebral ischemia, stroke, neuroprotection, MCAO |
| 19:00 | 生信/前沿技术 | single-cell, multi-omics, bioinformatics, spatial transcriptomics |
## ⚠️ 已知工具陷阱
### 文件系统隔离（重要！）
`execute_code` 运行在沙箱环境中，**不能直接访问** `terminal` 工具写入 `/tmp/` 或 `$HOME/` 的文件。反之亦然。
- ❌ 错误做法：terminal写入`/tmp/fig1_b64.txt`，然后用execute_code的`open()`读取 → 文件不存在
- ✅ 正确做法1：所有数据处理在terminal中完成（Python脚本通过`python script.py`执行）
- ✅ 正确做法2：将数据处理写成`.py`文件写入磁盘，再用terminal(`python path/to/script.py`)执行
### 大文件HTML生成
当HTML嵌入base64图片时（5张Nature原图 ≈ 4MB），`write_file`会因大小限制失败。
- ❌ 不要直接用write_file写4MB+的HTML
- ✅ 策略：写一个Python builder脚本到磁盘（`write_file → build_html.py`），然后`terminal("python build_html.py")`执行它
### Claude CLI 长提示词超时陷阱
claude -p 传入大段文本时容易超时（exit code 124，返回空），特别是在Windows git-bash环境。
- ❌ 一次性传入4篇论文的完整摘要+评估指令 → 超时
- ✅ 策略：将评估指令简化，每篇论文控制到1-3句关键信息；或拆分为多次调用分别评估单篇
### Cell Press PII清理模式（重要！）
PubMed esummary返回的PII含括号和连字符（如 `S0896-6273(26)00386-7`），CDN URL需要去掉这些字符：
- ❌ `tr -d '()'` → 只去除括号，留下连字符 → CDN返回404
- ✅ `tr -d '()-'` → 同时去除括号和连字符 → CDN返回200
- 详见 `references/figure-download-patterns.md` 中的修正实例
### Windows Python路径陷阱
在 Windows git-bash 中，Python 脚本不识别 MSYS 路径格式（`/c/Users/...`）：
- ❌ `open("/c/Users/forgase/fig1_b64.txt")` → FileNotFoundError
- ✅ `open("C:/Users/forgase/fig1_b64.txt")` — 正斜杠在 Windows Python 中可识别
- 同理，`python3` 命令在 Windows 上可能被应用执行别名拦截 → 始终使用 `python`
## 执行流程（完整版）
### Step 1: PubMed检索 — 两阶段策略
**执行位置：terminal 而非 execute_code**
PubMed API调用应在 `terminal` 中通过 `python -c "..."` 或写脚本后执行。`terminal` 中的 Python 连接更稳定，且结果可被后续terminal命令使用（写入文件、管道传递）。避免在 `execute_code` 中做PubMed检索——沙箱环境的网络连接可能不稳定，且JSON结果无法跨沙箱传递给terminal。
**日期范围两种方式（方式B更可靠）**：
```python
# 方式A: mindate/maxdate 参数（有时返回0结果，不可靠）
params = {
'db': 'pubmed', 'term': query,
'mindate': '<3个月前>', 'maxdate': '<今天>',
'datetype': 'pdat', 'retmax': 15, 'retmode': 'json'
}
# 方式B: [dp] 查询语法（推荐，已验证可靠）
query = '(ferroptosis[Title/Abstract] OR ...) AND ("2026/03/01"[dp] : "2026/06/12"[dp])'
params = {
'db': 'pubmed', 'term': query,
'retmax': 15, 'retmode': 'json'
}
```
`dp` (Date - Publication) 语法格式：`"YYYY/MM/DD"[dp] : "YYYY/MM/DD"[dp]`。日期之间需要空格+冒号+空格。此方式不受 `mindate/maxdate` 参数兼容性问题影响。
详见 `references/pubmed-API-patterns.md` 第4节。
**阶段A — 主题搜索**：用关键词搜该方向近期论文
**阶段B — 高IF期刊过滤**：用主题词 + `("Nature"[Journal] OR "Cell"[Journal] OR ...)` 格式搜
⚠️ 关键陷阱：
- `sort=date` 被PubMed忽略（返回warning），不要用
- 期刊名必须用 `"全称"[Journal]` 格式，裸词会被翻译为MeSH词条
- 复杂查询在curl中容易URL编码失败，优先用Python
- PubMed JSON返回的ID列表键名为小写 `idlist`，不是 `IdList`（驼峰）
### Step 2: 获取论文详情并初筛
```python
import urllib.request, json, time
# 获取元数据
url = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id=<PMIDs>&retmode=json'
# 获取摘要
url = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=<PMIDs>&retmode=xml'
```
**初筛硬性门槛**（必须同时满足）：
1. IF > 10 或领域顶刊
2. 2026年3月后发表
3. 与用户研究方向直接相关
4. 原创研究（pubtype不含Review）
5. 非 News & Views / Letter / 编辑评论
### Step 3: Claude Code深度评估（Hermes + Claude 双重评判）
将经过初筛的候选论文交给 Claude Code 严格评估：
```
claude -p "严格评估以下论文，从5个维度各评1-10分..."
```
**5维度评分**：
1. **逻辑完整性** (1-10)：完整正反验证（gain+loss of function）、KO/KI模型
2. **方法学水平** (1-10)：前沿技术（单细胞测序、冷冻电镜、活细胞成像、TurboID等）
3. **创新性** (1-10)：新概念/新机制/新方法，首次报道
4. **可借鉴性** (1-10)：实验设计是否值得用户在自己的课题中参考 **← 这是最关键的维度**
5. **临床转化潜力** (1-10)：体内验证或治疗意义
### Step 4: 唯一推荐（核心规则）
- Claude评分 < 30分（平均<6分）或任何单维度 < 5分 → **不推荐**，跳过
- 多个候选都达标 → **只选最优的1篇**，不要让用户选
- Hermes再次确认质量 + 相关性 + 可借鉴性 → 只有双方都确认才通过
- **如果这篇研究方向不匹配（如planarian flatworm研究），即使评分高也不能推**
### Step 5: 下载PDF + 提取Figure图片
**PDF下载**：
- Nature系列: `https://www.nature.com/articles/{article_id}.pdf`（已验证：Nature, Nat Neurosci, Nat Med, Nat Commun均可下载）
- Cell Press/Elsevier: PDF有ScienceDirect防护，通常无法通过curl下载
- 所有期刊的Figure图片可通过CDN下载（详见`references/figure-download-patterns.md`）
- 注意：部分期刊有付费墙，PDF可能无法下载，此时跳过PDF但继续下载Figure图片
**Figure提取（Nature系列通用模式 — 已验证 Nature, Nat Neurosci, Nat Med, Nat Commun）**：
```bash
# 1. 从HTML中提取所有figure图片URL（通用模式，匹配所有s415XX系列期刊）
curl -s -L -H "User-Agent: Mozilla/5.0" "https://www.nature.com/articles/{article_id}" \
| grep -oP 'https://media\.springernature\.com/[^"'"'"'<>]+s415\d\d[^"'"'"'<>]*\.(?:png|jpg|webp)' \
| sort -u
# 2. 暴力枚举法（推荐，因为url模式固定—不依赖HTML解析）
for fig in 1 2 3 4 5 6 7; do
url="https://media.springernature.com/lw1200/springer-static/image/art%3A10.1038%2F${ARTICLE_ID}/MediaObjects/${JOURNAL_ID}_${YEAR}_${ARTICLE_NUM}_Fig${fig}_HTML.png"
code=$(curl -s -o /dev/null -w "%{http_code}" -L "$url" -H "User-Agent: Mozilla/5.0")
if [ "$code" != "404" ]; then
curl -s -L "$url" -H "User-Agent: Mozilla/5.0" | base64 -w 0 > "/c/Users/forgase/fig${fig}_b64.txt"
fi
done
```
**分辨率选择**：
- `/full/` — 最高分辨率（推荐用于Fig1）
- `/lw1200/` — 宽1200px（其余Figures用此即可）
- `/m685/` — 宽685px（小尺寸）
**已验证的图片URL模式**：
| 期刊 | article_id 示例 | journal_id | URL模式 |
|------|----------------|------------|---------|
| Nature | s41586-026-10597-2 | 41586 | `41586_{year}_{article_num}_Fig{N}_HTML.png` |
| Nat Neurosci | s41593-026-02317-w | 41593 | `41593_{year}_{article_num}_Fig{N}_HTML.png` |
| Nat Med | s41591-026-04393-8 | 41591 | `41591_{year}_{article_num}_Fig{N}_HTML.png` |
| Nat Commun | s41467-026-73538-7 | 41467 | `41467_{year}_{article_num}_Fig{N}_HTML.png` |
- article_num 提取规则：从DOI末尾段去前导零（如 s41591-026-04393-8 → 4393，s41593-026-02317-w → 2317）
- 参考 `references/figure-download-patterns.md` 获取各期刊的详细URL模式
### Step 6: 制作公众号风格HTML深度解读 — Python Builder模式
HTML文件要求：
1. 所有图片用base64 data URI嵌入，不使用file://协议
2. 仿公众号排版（简洁卡片风格）
3. 每条结果配"复现建议"（🔬 复现建议：...）
4. 包含论文原图 + 逐图解读 + 文章小结
5. 保存到桌面，文件命名规范：`{主题关键词}_文献解读.html`
**实现方法**（大文件HTML必须用此方式）：
由于HTML含多张base64图片（5-7张原图≈10MB），不能直接用`write_file`写入。
```python
# 1. 先读取base64数据（terminal工具写入的文件）
# ⚠️ 重要：Windows Python不识别 MSYS 路径 /c/Users/，必须用 C:/Users/ 格式
fig_b64 = {}
for i in range(1, 8):
path = f"C:/Users/forgase/fig{i}_b64.txt"
if os.path.exists(path):
with open(path, "r") as f:
fig_b64[f"fig{i}"] = f.read().strip()
# 2. 构建HTML字符串（用f-string嵌入base64）
html = f'''...<img src="data:image/png;base64,{fig_b64['fig1']}">...'''
# 3. 写入文件（使用正斜杠路径，Windows Python可识别）
with open("C:/Users/forgase/Desktop/主题_文献解读.html", "w", encoding="utf-8") as f:
f.write(html)
```
**流程总结**（4步）：
1. terminal中`curl | base64 -w 0 > /c/Users/forgase/fig{N}_b64.txt` 下载所有图片（保存到用户目录，/tmp/在沙箱中不可用）
2. 用`write_file`将Python builder脚本写入磁盘（不含base64数据，仅模板）
3. terminal中执行该Python脚本（`python C:/Users/forgase/build_html.py` — 读取base64文件 + 构建完整HTML + 写入桌面）
4. 验证文件存在：`ls -la /c/Users/forgase/Desktop/`
**HTML模板风格指南**：
- 头部：渐变深蓝背景 + 白色文字 + 标签徽章
- 评分卡片：flex网格布局，5维度评分条
- 图文解读：Fig依次排列，每个配caption+复现建议
- 文章小结：渐变紫色卡片
- 参考 `references/html-template-structure.md` 获取模板框架
### Step 7: 微信推送（⚠️ 关键：必须附上HTML文件）
**格式要求**（最终消息末尾必须加上 `MEDIA:路径` 发送HTML文件）：
```
🔥 {时间} {主题} 论文推荐
🏆 标题...
📅 日期 | 📰 期刊
⭐ Claude评分：X/50
💡 推荐理由：...
MEDIA:C:\Users\forgase\Desktop\{文件名}.html
```
**如果当天没有好论文**：
```
📭 {时间} {主题}
今天这个方向没有找到特别适合你的论文，下次继续关注。
```
**⚠️ 不做这个动作等于白做**：最终推送消息的末尾必须包含 `MEDIA:C:\Users\forgase\Desktop\{文件名}.html` 这一行，这样微信才会把HTML文件当作附件发送给用户。只发文字说"已生成"用户收不到文件。
## 核心原则
- **只推1篇** —— 不要让用户从多个候选中选择
- **宁缺毋滥** —— 没有好论文就不推，不强塞
- **Hermes + Claude 双重把关** —— 都确认完美适合才推
- **不推荐综述**（除非极高价值）
- **不推荐与用户研究方向无关的论文**（即使评分高）
- **推送语言用中文**，但保留英文标题和期刊名
- **⚠️ 必须将HTML文件附在消息中一起发送** — 在最终消息末尾加上 `MEDIA:/path/to/file`，确保用户直接收到文件，不是只发文字
## 参考文件
- `references/pubmed-API-patterns.md` — PubMed E-utilities API详细笔记
- `references/figure-download-patterns.md` — Nature/Cell/Elsevier等期刊的图片URL提取模式
The user has provided the following instruction alongside the skill invocation: [IMPORTANT: You are running as a scheduled cron job. DELIVERY: Your final response will be automatically delivered to the user — do NOT use send_message or try to deliver the output yourself. Just produce your report/output as your final response and the system handles the rest. SILENT: If there is genuinely nothing new to report, respond with exactly "[SILENT]" (nothing else) to suppress delivery. Never combine [SILENT] with content — either report your findings normally, or say [SILENT] and nothing more.]
你是Hermes，用户的科研助手。加载 paper-recommender skill。
今日任务：搜索**外泌体/细胞外囊泡**相关高质量论文，经过Hermes+Claude双重评判后，**只推最优的1篇**，做成HTML深度解读并**必须通过MEDIA:路径附在消息末尾一起发送**。
主题关键词：exosome, extracellular vesicle, neural, brain, neurodegenerative, EV therapy
日期范围：最近3个月内发表
期刊要求：IF > 10 或领域顶刊
遵循 paper-recommender skill 的完整6步流程（PubMed检索→获取详情→Claude评估→唯一选定→下载PDF+提取原图→Python builder生成HTML）。
**⚠️ 关键：最终微信消息末尾必须加上一行 `MEDIA:C:\Users\forgase\Desktop\{文件名}.html`，这样HTML文件才会作为附件发送给用户。**
论文推荐-15-外泌体 · Jun 12 15:10
2026-06-12 15:00 · 38 条 · deepseek-v4-flash
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AND (\"2026/03/01\"[dp] : \"2026/06/12\"[dp])'\nparams = {\n 'db': 'pubmed', 'term': query,\n 'retmax': 15, 'retmode': 'json'\n}\n```\n`dp` (Date - Publication) 语法格式：`\"YYYY/MM/DD\"[dp] : \"YYYY/MM/DD\"[dp]`。日期之间需要空格+冒号+空格。此方式不受 `mindate/maxdate` 参数兼容性问题影响。\n详见 `references/pubmed-API-patterns.md` 第4节。\n\n**阶段A — 主题搜索**：用关键词搜该方向近期论文\n**阶段B — 高IF期刊过滤**：用主题词 + `(\"Nature\"[Journal] OR \"Cell\"[Journal] OR ...)` 格式搜\n\n⚠️ 关键陷阱：\n- `sort=date` 被PubMed忽略（返回warning），不要用\n- 期刊名必须用 `\"全称\"[Journal]` 格式，裸词会被翻译为MeSH词条\n- 复杂查询在curl中容易URL编码失败，优先用Python\n- PubMed JSON返回的ID列表键名为小写 `idlist`，不是 `IdList`（驼峰）\n\n### Step 2: 获取论文详情并初筛\n\n```python\nimport urllib.request, json, time\n\n# 获取元数据\nurl = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id=<PMIDs>&retmode=json'\n# 获取摘要\nurl = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=<PMIDs>&retmode=xml'\n```\n\n**初筛硬性门槛**（必须同时满足）：\n1. IF > 10 或领域顶刊\n2. 2026年3月后发表\n3. 与用户研究方向直接相关\n4. 原创研究（pubtype不含Review）\n5. 非 News & Views / Letter / 编辑评论\n\n### Step 3: Claude Code深度评估（Hermes + Claude 双重评判）\n\n将经过初筛的候选论文交给 Claude Code 严格评估：\n```\nclaude -p \"严格评估以下论文，从5个维度各评1-10分...\"\n```\n\n**5维度评分**：\n1. **逻辑完整性** (1-10)：完整正反验证（gain+loss of function）、KO/KI模型\n2. **方法学水平** (1-10)：前沿技术（单细胞测序、冷冻电镜、活细胞成像、TurboID等）\n3. **创新性** (1-10)：新概念/新机制/新方法，首次报道\n4. **可借鉴性** (1-10)：实验设计是否值得用户在自己的课题中参考 **← 这是最关键的维度**\n5. **临床转化潜力** (1-10)：体内验证或治疗意义\n\n### Step 4: 唯一推荐（核心规则）\n\n- Claude评分 < 30分（平均<6分）或任何单维度 < 5分 → **不推荐**，跳过\n- 多个候选都达标 → **只选最优的1篇**，不要让用户选\n- Hermes再次确认质量 + 相关性 + 可借鉴性 → 只有双方都确认才通过\n- **如果这篇研究方向不匹配（如planarian flatworm研究），即使评分高也不能推**\n\n### Step 5: 下载PDF + 提取Figure图片\n\n**PDF下载**：\n- Nature系列: `https://www.nature.com/articles/{article_id}.pdf`（已验证：Nature, Nat Neurosci, Nat Med, Nat Commun均可下载）\n- Cell Press/Elsevier: PDF有ScienceDirect防护，通常无法通过curl下载\n- 所有期刊的Figure图片可通过CDN下载（详见`references/figure-download-patterns.md`）\n- 注意：部分期刊有付费墙，PDF可能无法下载，此时跳过PDF但继续下载Figure图片\n\n**Figure提取（Nature系列通用模式 — 已验证 Nature, Nat Neurosci, Nat Med, Nat Commun）**：\n```bash\n# 1. 从HTML中提取所有figure图片URL（通用模式，匹配所有s415XX系列期刊）\ncurl -s -L -H \"User-Agent: Mozilla/5.0\" \"https://www.nature.com/articles/{article_id}\" \\\n | grep -oP 'https://media\\.springernature\\.com/[^\"'\"'\"'<>]+s415\\d\\d[^\"'\"'\"'<>]*\\.(?:png|jpg|webp)' \\\n | sort -u\n\n# 2. 暴力枚举法（推荐，因为url模式固定—不依赖HTML解析）\nfor fig in 1 2 3 4 5 6 7; do\n url=\"https://media.springernature.com/lw1200/springer-static/image/art%3A10.1038%2F${ARTICLE_ID}/MediaObjects/${JOURNAL_ID}_${YEAR}_${ARTICLE_NUM}_Fig${fig}_HTML.png\"\n code=$(curl -s -o /dev/null -w \"%{http_code}\" -L \"$url\" -H \"User-Agent: Mozilla/5.0\")\n if [ \"$code\" != \"404\" ]; then\n curl -s -L \"$url\" -H \"User-Agent: Mozilla/5.0\" | base64 -w 0 > \"/c/Users/forgase/fig${fig}_b64.txt\"\n fi\ndone\n```\n\n**分辨率选择**：\n- `/full/` — 最高分辨率（推荐用于Fig1）\n- `/lw1200/` — 宽1200px（其余Figures用此即可）\n- `/m685/` — 宽685px（小尺寸）\n\n**已验证的图片URL模式**：\n| 期刊 | article_id 示例 | journal_id | URL模式 |\n|------|----------------|------------|---------|\n| Nature | s41586-026-10597-2 | 41586 | `41586_{year}_{article_num}_Fig{N}_HTML.png` |\n| Nat Neurosci | s41593-026-02317-w | 41593 | `41593_{year}_{article_num}_Fig{N}_HTML.png` |\n| Nat Med | s41591-026-04393-8 | 41591 | `41591_{year}_{article_num}_Fig{N}_HTML.png` |\n| Nat Commun | s41467-026-73538-7 | 41467 | `41467_{year}_{article_num}_Fig{N}_HTML.png` |\n\n- article_num 提取规则：从DOI末尾段去前导零（如 s41591-026-04393-8 → 4393，s41593-026-02317-w → 2317）\n- 参考 `references/figure-download-patterns.md` 获取各期刊的详细URL模式\n\n### Step 6: 制作公众号风格HTML深度解读 — Python Builder模式\n\nHTML文件要求：\n1. 所有图片用base64 data URI嵌入，不使用file://协议\n2. 仿公众号排版（简洁卡片风格）\n3. 每条结果配\"复现建议\"（🔬 复现建议：...）\n4. 包含论文原图 + 逐图解读 + 文章小结\n5. 保存到桌面，文件命名规范：`{主题关键词}_文献解读.html`\n\n**实现方法**（大文件HTML必须用此方式）：\n由于HTML含多张base64图片（5-7张原图≈10MB），不能直接用`write_file`写入。\n```python\n# 1. 先读取base64数据（terminal工具写入的文件）\n# ⚠️ 重要：Windows Python不识别 MSYS 路径 /c/Users/，必须用 C:/Users/ 格式\nfig_b64 = {}\nfor i in range(1, 8):\n path = f\"C:/Users/forgase/fig{i}_b64.txt\"\n if os.path.exists(path):\n with open(path, \"r\") as f:\n fig_b64[f\"fig{i}\"] = f.read().strip()\n\n# 2. 构建HTML字符串（用f-string嵌入base64）\nhtml = f'''...<img src=\"data:image/png;base64,{fig_b64['fig1']}\">...'''\n\n# 3. 写入文件（使用正斜杠路径，Windows Python可识别）\nwith open(\"C:/Users/forgase/Desktop/主题_文献解读.html\", \"w\", encoding=\"utf-8\") as f:\n f.write(html)\n```\n\n**流程总结**（4步）：\n1. terminal中`curl | base64 -w 0 > /c/Users/forgase/fig{N}_b64.txt` 下载所有图片（保存到用户目录，/tmp/在沙箱中不可用）\n2. 用`write_file`将Python builder脚本写入磁盘（不含base64数据，仅模板）\n3. terminal中执行该Python脚本（`python C:/Users/forgase/build_html.py` — 读取base64文件 + 构建完整HTML + 写入桌面）\n4. 验证文件存在：`ls -la /c/Users/forgase/Desktop/`\n\n**HTML模板风格指南**：\n- 头部：渐变深蓝背景 + 白色文字 + 标签徽章\n- 评分卡片：flex网格布局，5维度评分条\n- 图文解读：Fig依次排列，每个配caption+复现建议\n- 文章小结：渐变紫色卡片\n- 参考 `references/html-template-structure.md` 获取模板框架\n\n### Step 7: 微信推送（⚠️ 关键：必须附上HTML文件）\n\n**格式要求**（最终消息末尾必须加上 `MEDIA:路径` 发送HTML文件）：\n```\n🔥 {时间} {主题} 论文推荐\n\n🏆 标题...\n📅 日期 | 📰 期刊\n⭐ Claude评分：X/50\n💡 推荐理由：...\n\nMEDIA:C:\\Users\\forgase\\Desktop\\{文件名}.html\n```\n\n**如果当天没有好论文**：\n```\n📭 {时间} {主题}\n今天这个方向没有找到特别适合你的论文，下次继续关注。\n```\n\n**⚠️ 不做这个动作等于白做**：最终推送消息的末尾必须包含 `MEDIA:C:\\Users\\forgase\\Desktop\\{文件名}.html` 这一行，这样微信才会把HTML文件当作附件发送给用户。只发文字说\"已生成\"用户收不到文件。\n\n## 核心原则\n- **只推1篇** —— 不要让用户从多个候选中选择\n- **宁缺毋滥** —— 没有好论文就不推，不强塞\n- **Hermes + Claude 双重把关** —— 都确认完美适合才推\n- **不推荐综述**（除非极高价值）\n- **不推荐与用户研究方向无关的论文**（即使评分高）\n- **推送语言用中文**，但保留英文标题和期刊名\n- **⚠️ 必须将HTML文件附在消息中一起发送** — 在最终消息末尾加上 `MEDIA:/path/to/file`，确保用户直接收到文件，不是只发文字\n\n## 参考文件\n- `references/pubmed-API-patterns.md` — PubMed E-utilities API详细笔记\n- `references/figure-download-patterns.md` — Nature/Cell/Elsevier等期刊的图片URL提取模式\n", "path": "productivity\\paper-recommender\\SKILL.md", "skill_dir": "C:\\Users\\forgase\\AppData\\Local\\hermes\\skills\\productivity\\paper-recommender", "linked_files": {"references": ["references\\figure-download-patterns.md", "references\\html-template-structure.md", "references\\pubmed-API-patterns.md"]}, "usage_hint": "To view linked files, call skill_view(name, file_path) where file_path is e.g. 'references/api.md' or 'assets/config.yaml'", "required_environment_variables": [], "required_commands": [], "missing_required_environment_variables": [], "missing_credential_files": [], "missing_required_commands": [], "setup_needed": false, "setup_skipped": false, "readiness_status": "available"}
tool · 2026-06-12 15:10
{"success": true, "name": "paper-recommender", "file": "references/pubmed-API-patterns.md", "content": "# PubMed E-utilities API 实战笔记\n\n## 搜索API (esearch)\n\n### 基础结构\n```\nbase: https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi\nparams:\n db=pubmed\n term=<查询表达式>\n mindate/maxdate — 日期范围\n datetype=pdat (publication date)\n retmax=N — 最大返回数\n retmode=json\n```\n\n### 已验证的关键查询模式\n\n**1. 主题搜索 + 高影响因子期刊过滤**\n```python\nquery = 'Parkinson AND (\"Nat Neurosci\"[Journal] OR \"Neuron\"[Journal] OR \"Nat Med\"[Journal])'\n```\n- 期刊名必须用 `\"全称\"[Journal]` 格式\n- 不加 `[Journal]` 标签时，`Neuron` 被翻译为 MeSH 的 neurons（神经元）\n- `Brain` 被翻译为 MeSH 的 brain（大脑解剖结构）\n\n**2. 细胞死亡方向搜索（已验证）**\n```python\nquery = '(ferroptosis[Title/Abstract] OR pyroptosis[Title/Abstract] OR ' + \\\n 'necroptosis[Title/Abstract] OR PANoptosis[Title/Abstract] OR ' + \\\n 'cuproptosis[Title/Abstract] OR mitophagy[Title/Abstract]) ' + \\\n 'AND (Nature[Journal] OR \"Cell\"[Journal] OR \"Nat Cell Biol\"[Journal] OR ' + \\\n '\"Cell Death Differ\"[Journal] OR \"Nat Commun\"[Journal])'\n```\n这个模式成功返回了 Nature 的精胺/铁死亡论文。\n\n**3. 已测试的有效期刊标签**\n| 期刊 | 标签 |\n|------|------|\n| Nature | `\"Nature\"[Journal]` |\n| Nature Communications | `\"Nat Commun\"[Journal]` |\n| Nature Medicine | `\"Nat Med\"[Journal]` |\n| Neuron | `\"Neuron\"[Journal]` |\n| Nature Neuroscience | `\"Nat Neurosci\"[Journal]` |\n| Science Advances | `\"Sci Adv\"[Journal]` |\n| Cell | `\"Cell\"[Journal]` |\n| Cell Reports | `\"Cell Rep\"[Journal]` |\n| Cell Death & Differentiation | `\"Cell Death Differ\"[Journal]` |\n| EMBO Journal | `\"EMBO J\"[Journal]` |\n| Molecular Neurodegeneration | `\"Mol Neurodegener\"[Journal]` |\n| EBioMedicine | `\"EBioMedicine\"[Journal]` |\n| Acta Neuropathologica | `\"Acta Neuropathol\"[Journal]` |\n| Brain | `\"Brain\"[Journal]` |\n| Lancet Neurology | `\"Lancet Neurol\"[Journal]` |\n| Developmental Cell | `\"Dev Cell\"[Journal]` |\n| Nature Structural & Molecular Biology | `\"Nat Struct Mol Biol\"[Journal]` |\n| Cell Metabolism | `\"Cell Metab\"[Journal]` |\n| Molecular Cell | `\"Mol Cell\"[Journal]` |\n| Nature Cell Biology | `\"Nat Cell Biol\"[Journal]` |\n\n### 已验证无用的参数\n- `sort=date` — 返回 warning \"Unknown sort schema 'date' ignored\"，无效果\n\n## 获取详情API (esummary)\n\n```python\nurl = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id=<PMID列表>&retmode=json'\n```\n\n关键字段：\n- `pubtype` — 文章类型（含 \"Review\" 则为综述）\n- `source` — 期刊缩写名\n- `articleids[].idtype == 'doi'` — DOI\n- `attributes` — 包含 \"Has Abstract\" 则有摘要\n- `pubdate` — 发表日期\n- `title` — 标题\n\n⚠️ JSON的id列表键名是小写 `idlist`（如 `data['esearchresult']['idlist']`），不是驼峰的 `IdList`。\n\n## 获取摘要API (efetch)\n\n```python\n# XML模式（含结构化信息）\nurl = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=<PMIDs>&retmode=xml'\n\n# 文本模式（纯文本）\nurl = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=<PMIDs>&retmode=text&rettype=abstract'\n```\n\nXML模式返回结构化数据，适合用正则提取：\n- `<ArticleTitle>` → 标题（需要去除XML标签+解码HTML实体）\n- `<AbstractText>` → 摘要段落（可以有多段，Label属性区分BACKGROUND/METHODS/RESULTS/CONCLUSIONS）\n- `<ELocationID EIdType=\"doi\">` → DOI\n- `<Journal><Title>` → 期刊全名\n- `<PubDate><Year>` + `<Month>` → 发表日期\n\nXML转义字符需要手动替换：`α`=α, `β`=β, `γ`=γ, ` `=空格, `⁠`='', `&`=&, `<`=<, `>`=>\n\n## 获取文章元数据（XML完整模式）\n\n```python\nurl = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=<PMIDs>&retmode=xml'\n```\n此模式返回完整XML，包含：\n- 所有作者的 `<LastName>` 和 `<ForeName>`\n- 所有 `<Keyword>`\n- 完整 `<AbstractText>`（含多个Label段落）\n- `<PublicationTypeList>` 用于排除Review/Letter\n\n## 已知环境陷阱\n\n### 1. SSL连接失败（exit code 35）\n某些环境（git-bash/MSYS2）的 curl SSL 版本与 NCBI 服务器不兼容。\n- 修复1：`curl -k`（跳过证书验证）\n- 修复2：改用 Python 的 `urllib.request`（在本环境中工作可靠）\n- 修复3：更新 curl CA bundle\n\n### 2. URL编码问题\ncurl 命令行中包含 `()\"[]` 等特殊字符时容易解析失败（exit code 3）。\n- 修复：用 Python 的 `urllib.parse.urlencode(params)` 构建查询串\n\n### 3. `sort=date` 无效\nPubMed API 不支持 sort=date，搜索结果的顺序按默认相关性排序。\n\n### 4. `mindate`/`maxdate` + `datetype` 日期过滤可能返回0结果（2026-06发现）\n使用 `mindate` + `maxdate` + `datetype=pdat/ppub/edat` 参数组合对常见查询（如 `ferroptosis[Title/Abstract]`）返回 Count=0，不返回任何PMID。PubMed API的日期参数在此环境下不可靠。\n- **修复**：改用 `dp` (Date - Publication) 范围语法直接在查询串中限定日期：\n ```python\n query = 'ferroptosis[Title/Abstract] AND (\"2026/03/01\"[dp] : \"2026/06/12\"[dp])'\n params = {'db': 'pubmed', 'term': query, 'retmax': 20, 'retmode': 'json'}\n ```\n `dp` 语法格式：`\"YYYY/MM/DD\"[dp] : \"YYYY/MM/DD\"[dp]`（日期之间需加空格、冒号、空格）。此方式已验证可靠（2026-06-12），可与其他搜索条件自由组合（如 AND 期刊过滤）。\n\n### 5. execute_code 中 PubMed API 不稳定\n在 `execute_code` 沙箱中连续调用 PubMed API 时，部分请求返回空结果（即使同一查询在前一个调用中返回了完整的 count 和 idlist）。推测与沙箱环境的连接复用或速率限制有关。\n- 修复：将 PubMed API 调用移至 `terminal(\"python -c \\\"...\\\"\")` 中执行。terminal 中的 Python 连接更稳定，返回结果一致。\n- 如果结果仍然为空，在两次 API 调用之间添加 `time.sleep(0.5)` 避免速率限制。\n\n### 6. Cell/Elsevier 付费墙\nCell Press（www.cell.com、linkinghub.elsevier.com）对脚本访问严格限制，返回403/超时。Nature系列（www.nature.com）通常可正常访问。\n- 但 Cell Press 的 Figure 图片通过 `ars.els-cdn.com` CDN 分发，可直接通过 curl 下载（详见 figure-download-patterns.md）。\n- PII 中的括号和连字符需要清理：`tr -d '()-'`\n\n## 搜索策略（两阶段工作流）\n\n### 阶段A：主题搜索\n```python\n# 方式A: mindate/maxdate（可能不可靠）\nparams = {\n 'db': 'pubmed', 'term': query,\n 'mindate': '<3月前>', 'maxdate': '<今天>',\n 'datetype': 'pdat', 'retmax': 10, 'retmode': 'json'\n}\n# 方式B: [dp] 语法（推荐，已验证可靠）\nquery = 'Parkinson disease AND (\"2026/03/01\"[dp] : \"2026/06/12\"[dp])'\nparams = {\n 'db': 'pubmed', 'term': query,\n 'retmax': 10, 'retmode': 'json'\n}\n```\n目的：了解该时段总论文数，获取基础PMID列表。\n\n### 阶段B：高影响力期刊过滤\n```python\njournal_tags = '\"Nature\"[Journal] OR \"Cell\"[Journal] OR \"Nat Neurosci\"[Journal] OR ...'\nquery = f'({topic_keywords}) AND ({journal_tags}) AND (\"<3月前>\"[dp] : \"<今天>\"[dp])'\n```\n目的：直接命中IF>10的高质量论文。\n\n### 初筛要点\n1. `pubtype` 不含 \"Review\" → 原创研究\n2. `attributes` 含 \"Has Abstract\" → 有摘要\n3. 检查 DOI 是否存在\n4. 排除 \"No authors listed\" → 通常是 News & Views\n5. 从XML提取时注意HTML实体和Unicode转义符的处理\n\n## 评分标准（Claude评估用，5维度各1-10分）\n\n| 维度 | 评分要点 | 满分 |\n|------|---------|------|\n| 逻辑完整性 | gain+loss of function, KO/KI, 正反验证 | 10 |\n| 方法学水平 | 单细胞测序, 冷冻电镜, 活细胞成像, TurboID等 | 10 |\n| 创新性 | 新概念/新机制/新方法 | 10 |\n| 可借鉴性 | 实验设计可迁移到神经科学 **←最重要维度** | 10 |\n| 临床转化潜力 | 体内验证, 治疗靶点, 生物标志物 | 10 |\n\n总分 >= 30 且各维度 >= 5 → 候选。再经Hermes确认相关性后，只选最优1篇。", "file_type": ".md"}
tool · 2026-06-12 15:10
{"success": true, "name": "paper-recommender", "file": "references/figure-download-patterns.md", "content": "# 学术期刊Figure下载模式速查\n\n## Nature 系列\n**已验证模式（2026年6月）**\n\n### URL结构\n```\n文章页: https://www.nature.com/articles/{article_id}\nFigure URL: https://media.springernature.com/{size}/springer-static/image/\n art%3A10.1038%2F{article_id}/MediaObjects/\n {journal_id}_{year}_{article_num}_Fig{N}_HTML.png\n```\n\n### 关键参数\n- `{article_id}`: DOI中`/`后面的部分，如 `s41586-026-10597-2` 或 `s41593-026-02317-w`\n- `{journal_id}`: 期刊对应数字ID，如 Nature=41586, Nat Neurosci=41593\n- `{year}`: 4位年份\n- `{article_num}`: 文章编号（DOI中期刊ID后的数字部分，去连字符）\n- `{N}`: Figure编号（1-7）\n\n### 实例1 (Nature — 已验证 2026-06)\n```\narticle_id = s41586-026-10597-2\njournal_id = 41586\nyear = 2026\narticle_num = 10597\n\nFig1 全尺寸:\nhttps://media.springernature.com/full/springer-static/image/art%3A10.1038%2Fs41586-026-10597-2/MediaObjects/41586_2026_10597_Fig1_HTML.png\n\nFig2 中等尺寸:\nhttps://media.springernature.com/lw1200/springer-static/image/art%3A10.1038%2Fs41586-026-10597-2/MediaObjects/41586_2026_10597_Fig2_HTML.png\n```\n\n### 实例2 (Nature Neuroscience — 已验证 2026-06)\n```\narticle_id = s41593-026-02317-w\njournal_id = 41593\nyear = 2026\narticle_num = 2317\n\nFig1 全尺寸:\nhttps://media.springernature.com/full/springer-static/image/art%3A10.1038%2Fs41593-026-02317-w/MediaObjects/41593_2026_2317_Fig1_HTML.png\n\nFig4 中等尺寸:\nhttps://media.springernature.com/lw1200/springer-static/image/art%3A10.1038%2Fs41593-026-02317-w/MediaObjects/41593_2026_2317_Fig4_HTML.png\n```\n\n### 实例3 (Nature Medicine — 已验证 2026-06-11)\n```\narticle_id = s41591-026-04393-8\njournal_id = 41591\nyear = 2026\narticle_num = 4393\n\nFig1 全尺寸:\nhttps://media.springernature.com/full/springer-static/image/art%3A10.1038%2Fs41591-026-04393-8/MediaObjects/41591_2026_4393_Fig1_HTML.png\n\nFig2-Fig5 中等尺寸:\nhttps://media.springernature.com/lw1200/springer-static/image/art%3A10.1038%2Fs41591-026-04393-8/MediaObjects/41591_2026_4393_Fig2_HTML.png\n...\nhttps://media.springernature.com/lw1200/...41591_2026_4393_Fig5_HTML.png\n\narticle_num提取: DOI \"s41591-026-04393-8\" → 取s41591后的两段 \"026\"+\"04393\" → 截取最终段的数字部分去前导零 → 4393\n```\n\n### 快速提取命令（curl + grep）\n```bash\n# 1. 从HTML提取所有Figure URL（通用模式，匹配所有s415XX系列期刊）\ncurl -s -L -H \"User-Agent: Mozilla/5.0\" \\\n \"https://www.nature.com/articles/{article_id}\" \\\n | grep -oP 'https://media\\.springernature\\.com/[^\"'\"'\"'<>]+s415\\d\\d[^\"'\"'\"'<>]*\\.(?:png|jpg|webp)' \\\n | sort -u\n\n# 2. 下载某张Figure为base64（用于HTML嵌入）\nFIG_URL=\"https://media.springernature.com/lw1200/springer-static/image/art%3A10.1038%2F{article_id}/MediaObjects/{journal_id}_{year}_{article_num}_Fig{N}_HTML.png\"\ncurl -s \"$FIG_URL\" -H \"User-Agent: Mozilla/5.0\" | base64 -w 0 > /c/Users/<user>/fig{N}_b64.txt\n```\n\n### 分辨率控制\n| 前缀 | 尺寸 | 说明 |\n|------|------|------|\n| `/full/` | 全尺寸 | 最高分辨率，推荐用于Fig1 |\n| `/lw1200/` | 宽1200px | 中等尺寸，适用于其余Figures |\n| `/m685/` | 宽685px | 小尺寸 |\n| `/w215h120/` | 215x120px | 缩略图 |\n\n### 已测试的期刊ID\n| 期刊 | ID | DOI前缀 | 验证状态 |\n|------|----|---------|---------|\n| Nature | 41586 | s41586 | ✅ 2026-06 |\n| **Nature Medicine** | **41591** | **s41591** | **✅ 2026-06** |\n| **Nature Neuroscience** | **41593** | **s41593** | **✅ 2026-06** |\n| Nature Communications | 41467 | s41467 | 🟢 已验证 |\n| Cell Death & Differentiation | 41418 | s41418 | 🟢 已验证 |\n| Scientific Reports | 41598 | s41598 | 🟢 已验证 |\n| Cell Discovery | 41420 | s41420 | 🟢 已验证 |\n\n## Cell Press / Elsevier 系列（Cell Metabolism, Cell, Neuron, Cell Reports 等）\n**已验证模式（2026年6月）**\n\n### 关键发现：主页面有Cloudflare防护，但CDN图片可直接访问\nCell Press 主页面（www.cell.com）使用 Cloudflare 防护，curl/browser 直接访问被拦截。\n但图片通过 `ars.els-cdn.com` CDN 分发，**可以直接通过 curl 下载**。\n\n### URL结构（已成功用于 Cell Metabolism）\n```\nFigure N (大尺寸):\nhttps://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-{PII}-gr{N}_lrg.jpg\n\nFigure N (小尺寸):\nhttps://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-{PII}-gr{N}.jpg\n\nGraphical Abstract (大尺寸):\nhttps://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-{PII}-fx1_lrg.jpg\n```\n\n### 关键参数\n- `{PII}`: 文章的PII（Publisher Item Identifier），可从PubMed esummary结果中获取（idtype='pii'），或从DOI对应的ScienceDirect URL中提取\n- `{N}`: Figure编号（1-7），Cell Press系列使用 `gr1, gr2, ..., gr7` 格式（非 `Fig1`）\n- `fx1`: Graphical Abstract的固定标识\n\n### 实例（Neuron — 已验证 2026-06-12）\n```bash\nPMID: 42127911\nDOI: 10.1016/j.neuron.2026.04.033\nPII: S0896-6273(26)00328-4 # 含有括号和连字符，需全部去除\nURL-PII: S0896627326003284 # 去除括号和连字符后的实际URL用PII\n\n# Figure URL (CDN直接访问，无防护):\n# 核心：去除PII中的括号，替换 gr{N}_lrg 和 fx1_lrg\nFig1: https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S0896627326003284-gr1_lrg.jpg\nFig2: https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S0896627326003284-gr2_lrg.jpg\nFig3: https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S0896627326003284-gr3_lrg.jpg\nFig4: https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S0896627326003284-gr4_lrg.jpg\nFig5: https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S0896627326003284-gr5_lrg.jpg\nFig6: https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S0896627326003284-gr6_lrg.jpg\nFig7: https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S0896627326003284-gr7_lrg.jpg\nGraphical Abstract: https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S0896627326003284-fx1_lrg.jpg\n\n# PII括号去除规则\n# ⚠️ 必须同时去除括号和连字符：tr -d '()-'\n# \"S0896-6273(26)00328-4\" → tr -d '()-' → \"S0896627326003284\"\nPII_URL=$(echo \"$PII\" | tr -d '()-')\necho \"$PII_URL\" # → S0896627326003284\n\n```\n\n### 实例2（Neuron — 新验证 2026-06-12）\n```bash\nPMID: 42263678\nDOI: 10.1016/j.neuron.2026.05.015\nPII: S0896-6273(26)00386-7\nURL-PII: S0896627326003867 # 经 tr -d '()-' 处理\n\n# gr1-gr7 全部 HTTP 200 ✅ (含 _lrg 和无 _lrg 两种尺寸均可用)\ncurl -s \"https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S0896627326003867-gr1_lrg.jpg\" | base64 -w 0 > fig1_b64.txt\n# fx1: HTTP 404（非所有Cell Press文章都有Graphical Abstract）\n```\n\n### 实例（Cell Metabolism — 已验证 2026-06-11，需 tr -d '()-'）\n```bash\nPMID: 42049021\nDOI: 10.1016/j.cmet.2026.04.001\nPII: S1550-4131(26)00139-7 # 注意：PII可能不同于全文URL中的pii\n# ⚠️ 同样需要 tr -d '()-' 去除括号和连字符\n\n# ScienceDirect URL (有Cloudflare防护，curl会失败):\n# https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1550413126001397\n\n# Figure URL (CDN直接访问，无防护):\nFig1: https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S1550413126001397-gr1_lrg.jpg\nFig2: https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S1550413126001397-gr2_lrg.jpg\nFig3: https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S1550413126001397-gr3_lrg.jpg\nFig4: https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S1550413126001397-gr4_lrg.jpg\nFig5: https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S1550413126001397-gr5_lrg.jpg\nFig6: https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S1550413126001397-gr6_lrg.jpg\nFig7: https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S1550413126001397-gr7_lrg.jpg\nGraphical Abstract: https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S1550413126001397-fx1_lrg.jpg\n```\n\n### 快速提取命令（修复版）\n```bash\n# 1. 从PubMed esummary中获取PII\n# PII字段: idtype='pii', value='S1550-4131(26)00139-7'\n# 或从DOI的ScienceDirect重定向URL中提取：/pii/{PII}\n\n# 2. ⚠️ 关键：清理PII中的括号和连字符，否则CDN URL会404\nPII_CLEAN=$(echo \"$PII\" | tr -d '()-')\n\n# 3. 暴力枚举法：从gr1试到gr7（推荐，因为url模式固定）\nfor fig in 1 2 3 4 5 6 7; do\n url=\"https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-${PII_CLEAN}-gr${fig}_lrg.jpg\"\n code=$(curl -s -o /dev/null -w \"%{http_code}\" -L \"$url\" -H \"User-Agent: Mozilla/5.0\")\n echo \"gr${fig}: HTTP ${code}\"\n if [ \"$code\" != \"404\" ]; then\n curl -s \"$url\" -H \"User-Agent: Mozilla/5.0\" | base64 -w 0 > fig${fig}_b64.txt\n fi\ndone\n\n# 4. 下载Graphical Abstract (可能不存在→404，正常)\ncurl -s \"https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-${PII_CLEAN}-fx1_lrg.jpg\" \\\n -H \"User-Agent: Mozilla/5.0\" | base64 -w 0 > fig_fx1_b64.txt\n```\n\n### 已验证的Cell Press期刊\n| 期刊 | 验证状态 | 备注 |\n|------|---------|------|\n| Cell Metabolism | ✅ 已验证（2026-06） | gr1-gr7全部通过，HTTP 200 |\n| **Neuron** | **✅ 已验证（2026-06-12）** | **gr1-gr7全部通过，HTTP 200；PMID 42127911 + PMID 42263678** |\n| Cell | 🟡 大概率可用 | 同属Cell Press，URL模式相同 |\n| Cell Reports | 🟡 大概率可用 | 同属Cell Press，URL模式相同 |\n| Developmental Cell | 🟡 大概率可用 | 同属Cell Press，URL模式相同 |\n| Molecular Cell | 🟡 大概率可用 | 同属Cell Press，URL模式相同 |\n\n### 已知限制\n- PDF下载：ScienceDirect有强防护，PDF无法直接通过curl下载（需订阅或机构访问）\n- 主页面HTML：Cloudflare拦截，无法直接从页面解析figure列表\n- PII格式因期刊而异，需从PubMed API或DOI重定向中获取\n\n## PMC / PubMed Central 开放获取\n```\nhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC{pmcid}/bin/{filename}\n```\n- 仅对开放获取文章有效\n\n## 通用最佳实践\n\n1. **先获取文章HTML页面**，从中提取Figure图片链接\n2. **优先使用全尺寸版本**（替换路径中的尺寸限定词）\n3. **base64嵌入**到HTML中，避免file://协议被浏览器拦截\n4. **文件命名**：`Figure{N}_{简短描述}.png`\n5. **注意付费墙**：3xx/4xx响应 → 放弃，不要反复重试\n6. **Nature/Nature Neuroscience/Nature Medicine PDF下载**：`https://www.nature.com/articles/{article_id}.pdf` — 已验证可下载（2026-06），Nature Medicine实例如 `s41591-026-04393-8`（7.8MB）\n\n## ⚠️ Windows 路径注意事项\n\n在 git-bash 中执行 `curl` + `base64` 保存图文件时，路径用 `/c/Users/<user>/` 形式（如 `/c/Users/forgase/fig1_b64.txt`）。但在 **Python 脚本** 中读取这些文件时，必须用 Windows 原生路径格式（`C:/Users/<user>/fig1_b64.txt`），因为 Python on Windows 不认识 MSYS 路径 `/c/Users/...`。\n\n**错误做法：**\n```python\nopen(\"/c/Users/forgase/fig1_b64.txt\", \"r\") # ❌ FileNotFoundError\n```\n\n**正确做法：**\n```python\nopen(\"C:/Users/forgase/fig1_b64.txt\", \"r\") # ✅ 正斜杠在Windows Python中可识别\n# 或\nopen(r\"C:\\Users\\forgase\\fig1_b64.txt\", \"r\") # ✅ 原始字符串\n```\n", "file_type": ".md"}
assistant · 2026-06-12 15:10
tool · 2026-06-12 15:10
{"todos": [{"id": "step1", "content": "PubMed检索 — 外泌体/细胞外囊泡近期论文（两阶段策略）", "status": "in_progress"}, {"id": "step2", "content": "获取论文详情并初筛", "status": "pending"}, {"id": "step3", "content": "Claude Code深度评估", "status": "pending"}, {"id": "step4", "content": "唯一推荐选定", "status": "pending"}, {"id": "step5", "content": "下载PDF + 提取Figure图片", "status": "pending"}, {"id": "step6", "content": "生成HTML深度解读", "status": "pending"}, {"id": "step7", "content": "推送消息（含MEDIA:附件）", "status": "pending"}], "summary": {"total": 7, "pending": 6, "in_progress": 1, "completed": 0, "cancelled": 0}}
assistant · 2026-06-12 15:10
**Step 1: PubMed检索 — 两阶段策略**
先做阶段A（主题搜索），再做阶段B（高IF期刊过滤）。
tool · 2026-06-12 15:10
{"output": "=== Phase A: Topic Search ===\r\nURL: https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=%28exosome%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+extracellular+vesicle%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+EVs%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+exosomal%5BTitle%2FAbstract%5D%29+AND+%28neural%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+brain%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+neurodegenerative%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+neuron%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+neuroprotection%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+neuroinflammation%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+stroke%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+cerebral%5BTitle%2FAbstract%5D%29+AND+%28%222026%2F03%2F01%22%5Bdp%5D+%3A+%222026%2F06%2F12%22%5Bdp%5D%29&retmax=20&retmode=json\r\nTotal count: 448\r\nPMIDs: ['42276985', '42275483', '42275304', '42274862', '42271483', '42265252', '42262353', '42261703', '42257777', '42256442', '42255476', '42254758', '42254188', '42254023', '42253953', '42251924', '42251830', '42250049', '42245812', '42245635']\r\n\r\n=== Phase B: High-IF Journal Filter ===\r\nURL: https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=%28%28exosome%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+extracellular+vesicle%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+EVs%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+exosomal%5BTitle%2FAbstract%5D%29+AND+%28neural%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+brain%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+neurodegenerative%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+neuron%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+neuroprotection%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+neuroinflammation%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+stroke%5BTitle%2FAbstract%5D+OR+cerebral%5BTitle%2FAbstract%5D%29+AND+%28%222026%2F03%2F01%22%5Bdp%5D+%3A+%222026%2F06%2F12%22%5Bdp%5D%29%29+AND+%28%22Nature%22%5BJournal%5D+OR+%22Cell%22%5BJournal%5D+OR+%22Nat+Neurosci%22%5BJournal%5D+OR+%22Nat+Med%22%5BJournal%5D+OR+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D+OR+%22Neuron%22%5BJournal%5D+OR+%22Mol+Neurodegener%22%5BJournal%5D+OR+%22Acta+Neuropathol%22%5BJournal%5D+OR+%22Brain%22%5BJournal%5D+OR+%22Lancet+Neurol%22%5BJournal%5D+OR+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D+OR+%22Cell+Death+Differ%22%5BJournal%5D+OR+%22EMBO+J%22%5BJournal%5D+OR+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D+OR+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D+OR+%22Nat+Cell+Biol%22%5BJournal%5D+OR+%22Cell+Metab%22%5BJournal%5D+OR+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D%29&retmax=20&retmode=json\r\nTotal count: 7\r\nPMIDs: ['42192197', '41991797', '41957395', '41950316', '41927530', '41856111', '41132091']", "exit_code": 0, "error": null}
assistant · 2026-06-12 15:10
Phase A: 448篇论文。Phase B (高IF期刊过滤): **7篇候选论文**。获取详情进行初筛：
tool · 2026-06-12 15:10
{"output": "XML saved, length: 305906\r\nSummary saved\r\n--- PMID 42192197 ---\r\nTitle: Microglial mitochondria transfer to astrocytes via GPNMB-enriched extracellular vesicles alleviates cognitive deficits in tauopathy mice.\r\nJournal: Nat Neurosci\r\nDate: 2026 May 26\r\nPubType: ['Journal Article']\r\nDOI: 10.1038/s41593-026-02317-w\r\n\r\n--- PMID 41991797 ---\r\nTitle: Consensus statement on microglial and macrophage functions in gliomas.\r\nJournal: Acta Neuropathol\r\nDate: 2026 Apr 16\r\nPubType: ['Journal Article', 'Review', \"Research Support, Non-U.S. Gov't\"]\r\nDOI: 10.1007/s00401-026-02999-3\r\n\r\n--- PMID 41957395 ---\r\nTitle: Steric hindrance-mediated extracellular vesicle size fractionation for rapid prehospital diagnosis of intracerebral hemorrhage.\r\nJournal: Nat Commun\r\nDate: 2026 Apr 9\r\nPubType: ['Journal Article']\r\nDOI: 10.1038/s41467-026-71751-y\r\n\r\n--- PMID 41950316 ---\r\nTitle: Pulmonary neuroendocrine cell-derived exosomes regulate iron homeostasis and oxidative stress in lung neurons.\r\nJournal: Sci Adv\r\nDate: 2026 Apr 10\r\nPubType: ['Journal Article']\r\nDOI: 10.1126/sciadv.ady2696\r\n\r\n--- PMID 41927530 ---\r\nTitle: Circulating extracellular vesicle microRNAs mediate immune modulation of social behavior in male mice.\r\nJournal: Nat Commun\r\nDate: 2026 Apr 3\r\nPubType: ['Journal Article']\r\nDOI: 10.1038/s41467-026-70469-1\r\n\r\n--- PMID 41856111 ---\r\nTitle: Transplantation of encapsulated mitochondria alleviates dysfunction in mitochondrial and Parkinson's disease models.\r\nJournal: Cell\r\nDate: 2026 May 14\r\nPubType: ['Journal Article']\r\nDOI: 10.1016/j.cell.2026.02.023\r\n\r\n--- PMID 41132091 ---\r\nTitle: EXOSC10 haploinsufficiency causes primary microcephaly by derepression of Sonic hedgehog signalling.\r\nJournal: Brain\r\nDate: 2026 Jun 3\r\nPubType: ['Journal Article']\r\nDOI: 10.1093/brain/awaf405", "exit_code": 0, "error": null}
assistant · 2026-06-12 15:10
Excellent! Let me get the full abstracts to properly screen these papers.
tool · 2026-06-12 15:10
{"output": "Found 7 articles\r\n=== PMID 42192197 ===\r\nTitle: Microglial mitochondria transfer to astrocytes via GPNMB-enriched extracellular vesicles alleviates cognitive deficits in tauopathy mice.\r\nAbstract: Alzheimer's disease (AD) is an irreversible neurodegenerative disease characterized by cognitive decline. The precise molecular mechanisms that underlie the pathogenesis of AD remain elusive. Here we show that glycoprotein nonmetastatic melanoma protein B (GPNMB) is produced by microglia and transferred to astrocytes through extracellular vesicles (EVs) in PS19 tau pathology mice. Tau is cleaved in microglia to generate N-terminal fragments that form a complex on mitochondria with Parkin/Nix and...\r\n\r\n=== PMID 41991797 ===\r\nTitle: Consensus statement on microglial and macrophage functions in gliomas.\r\nAbstract: This international consensus statement synthesizes key findings on the complex roles of microglia and macrophages (tumor-associated microglia/macrophages or TAMs) in glioma progression and therapeutic resistance. Recent advances have highlighted the cellular, spatial, and temporal heterogeneity of TAMs, their functional plasticity, and the intricate interactions between TAMs, glioma stem cells, and the neuronal microenvironment, challenging the M1/M2 classification paradigm for TAMs in gliomas a...\r\nKeywords: <Keyword MajorTopicYN=\"N\">Glioma, Immunotherapy, Macrophages, Microglia, Neurooncology\r\n\r\n=== PMID 41957395 ===\r\nTitle: Steric hindrance-mediated extracellular vesicle size fractionation for rapid prehospital diagnosis of intracerebral hemorrhage.\r\nAbstract: Diagnosing intracerebral hemorrhage (ICH) in prehospital settings remains challenging due to unavailability of immediate neuroimaging, clinical overlap with ischemic stroke, and absence of validated circulating biomarkers for time-critical settings. Extracellular vesicles (EVs), subcellular structures capable of transporting biomolecular payloads (e.g., proteins, nucleic acids) across the blood-brain barrier, have emerged as compelling diagnostic candidates for ICH. Nevertheless, their clinical ...\r\n\r\n=== PMID 41950316 ===\r\nTitle: Pulmonary neuroendocrine cell-derived exosomes regulate iron homeostasis and oxidative stress in lung neurons.\r\nAbstract: Nicotine, the principal addictive component of cigarettes, is linked to cognitive decline and neurodegenerative alterations, likely through oxidative stress and impaired iron regulation in neurons. Yet, underlying molecular pathways remain unclear. This study examined the role of pulmonary neuroendocrine cells (PNECs) in smoke-induced neural changes. Using human pluripotent stem cells, we generated induced PNECs (iPNECs) to overcome culture limitations and performed mechanistic analyses. We foun...\r\n\r\n=== PMID 41927530 ===\r\nTitle: Circulating extracellular vesicle microRNAs mediate immune modulation of social behavior in male mice.\r\nAbstract: Extracellular vesicles (EVs) are cell-derived small membrane vesicles and circulate throughout the body, but the impact of circulating EVs on brain function and behavior remains elusive. Here, we report that wild-type (WT) mouse blood, particularly EVs, increases sociability in socially impaired immunodeficient Rag1<sup>-/-</sup> male mice, mimicking the effects of WT T cell transfer. These EVs are localized to neurons and regulate PKCε expression, GABA<sub>A</sub> receptor synaptic localization...\r\n\r\n=== PMID 41856111 ===\r\nTitle: Transplantation of encapsulated mitochondria alleviates dysfunction in mitochondrial and Parkinson's disease models.\r\nAbstract: Mitochondrial transplantation holds significant potential for the treatment of mitochondrial diseases. However, how to efficiently deliver exogenous mitochondria to somatic cells or tissues remains unresolved. We present a mitochondrial transplantation approach to deliver mitochondria into the cells and tissues of mice and monkeys with high efficiency, based on encapsulating mitochondria with vesicles derived from the plasma membrane of erythrocytes. Treatment with encapsulated mitochondria comp...\r\nKeywords: <Keyword MajorTopicYN=\"N\">Parkinson’s disease, degenerative disease, extracellular vesicle, mitochondria, mitochondrial diseases, mitochondrial transfer, mtDNA depletion syndrome, mtDNA mutation, organelle therapy\r\n\r\n=== PMID 41132091 ===\r\nTitle: EXOSC10 haploinsufficiency causes primary microcephaly by derepression of Sonic hedgehog signalling.\r\nAbstract: The evolutionarily conserved RNA exosome complex modulates gene expression during development. Mutations in RNA exosome complex subunits have been implicated in various human brain disorders, suggesting that defects in RNA decay are linked to impaired neural development. In our study, we identified de novo variants of EXOSC10 in microcephalic individuals. The patient's phenotype can be replicated by heterozygous conditional knockout of Exosc10 in the developing mouse forebrain. The heterozygous ...\r\nKeywords: <Keyword MajorTopicYN=\"N\">Exosc10, Shh pathway, cortical development, exosome complex, microcephaly, neurogenesis", "exit_code": 0, "error": null}
assistant · 2026-06-12 15:10
Let me get the full abstracts and details for the top candidates:
tool · 2026-06-12 15:10
{"output": "=== PMID 42192197 ===\r\nTitle: Microglial mitochondria transfer to astrocytes via GPNMB-enriched extracellular vesicles alleviates cognitive deficits in tauopathy mice.\r\nAuthors: Chensi Liang, Yulan Zhou, Kai Zhuang, Shuzhong Wang, Li Zhong...\r\nJournal: Nature neuroscience (2026-05)\r\nDOI: 10.1038/s41593-026-02317-w\r\nKeywords: \r\nFull Abstract:\r\nAlzheimer's disease (AD) is an irreversible neurodegenerative disease characterized by cognitive decline. The precise molecular mechanisms that underlie the pathogenesis of AD remain elusive. Here we show that glycoprotein nonmetastatic melanoma protein B (GPNMB) is produced by microglia and transferred to astrocytes through extracellular vesicles (EVs) in PS19 tau pathology mice. Tau is cleaved in microglia to generate N-terminal fragments that form a complex on mitochondria with Parkin/Nix and GPNMB, promoting the secretion of EVs containing mitochondria. Functional mitochondria transferred to astrocytes via EVs markedly improve astrocytic functions and attenuate the cognitive impairments and pathogenic features in PS19 mice. By contrast, microglial GPNMB deficiency eliminates mitochondrial EV secretion and mitochondrial transfer to astrocytes, thereby impairing astrocytic functions and exacerbating cognitive impairment in PS19-CcKO (CX3CR1 cre Gpnmb floxp) mice. GPNMB-enriched EVs from PS19 mice alleviate the pathological phenotypes of PS19 mice, offering potential insights for AD treatment.\r\n================================================================================\r\n\r\n=== PMID 41856111 ===\r\nTitle: Transplantation of encapsulated mitochondria alleviates dysfunction in mitochondrial and Parkinson's disease models.\r\nAuthors: Shiwei Du, Qi Long, Yanshuang Zhou, Jiangqin Fu, Hao Wu...\r\nJournal: Cell (2026-05)\r\nDOI: 10.1016/j.cell.2026.02.023\r\nKeywords: <Keyword MajorTopicYN=\"N\">Parkinson’s disease, degenerative disease, extracellular vesicle, mitochondria, mitochondrial diseases, mitochondrial transfer, mtDNA depletion syndrome, mtDNA mutation, organelle therapy\r\nFull Abstract:\r\nMitochondrial transplantation holds significant potential for the treatment of mitochondrial diseases. However, how to efficiently deliver exogenous mitochondria to somatic cells or tissues remains unresolved. We present a mitochondrial transplantation approach to deliver mitochondria into the cells and tissues of mice and monkeys with high efficiency, based on encapsulating mitochondria with vesicles derived from the plasma membrane of erythrocytes. Treatment with encapsulated mitochondria complemented the loss, deletion, or mutation of mitochondrial DNA, thereby rescuing the associated bioenergetic and biochemical defects in patient-derived cells with mitochondrial disorders. Furthermore, mitochondrial capsules rescued the mitochondrial DNA depletion syndrome and Leigh syndrome in Dguok-/- and Ndufs4-/- mouse models, respectively. Moreover, in a mouse model of Parkinson's disease, mitochondrial capsules rescued neuron loss, improved motor skills, and restored mitochondrial function in the affected brain regions. Our study demonstrates the potential of this mitochondrial capsule as a treatment for mitochondrial disorders and proposes an \"organelle therapy\" strategy in regenerative medicine.\r\n================================================================================", "exit_code": 0, "error": null}
assistant · 2026-06-12 15:10
tool · 2026-06-12 15:10
{"todos": [{"id": "step1", "content": "PubMed检索 — 外泌体/细胞外囊泡近期论文（两阶段策略）", "status": "completed"}, {"id": "step2", "content": "获取论文详情并初筛 → 选出2篇候选", "status": "completed"}, {"id": "step3", "content": "Claude Code深度评估", "status": "in_progress"}, {"id": "step4", "content": "唯一推荐选定", "status": "pending"}, {"id": "step5", "content": "下载PDF + 提取Figure图片", "status": "pending"}, {"id": "step6", "content": "生成HTML深度解读", "status": "pending"}, {"id": "step7", "content": "推送消息（含MEDIA:附件）", "status": "pending"}], "summary": {"total": 7, "pending": 4, "in_progress": 1, "completed": 2, "cancelled": 0}}
assistant · 2026-06-12 15:10
**Step 3: Claude Code深度评估**
Let me evaluate the two best candidates with Claude.
tool · 2026-06-12 15:10
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assistant · 2026-06-12 15:10
tool · 2026-06-12 15:10
{"output": "# 两篇候选论文严格评估\n\n---\n\n## 论文1: PMID 42192197 — Nat Neurosci 2026\n\n> **\"Microglial mitochondria transfer to astrocytes via GPNMB-enriched extracellular vesicles alleviates cognitive deficits in tauopathy mice.\"**\n\n### 各维度评分\n\n| 维度 | 评分 | 评语 |\n|------|------|------|\n| **逻辑完整性** | **9/10** | 分子机制链条清晰：Tau切割→N端片段+Parkin/Nix/GPNMB复合物→线粒体EV分泌→星形胶质细胞线粒体摄取→认知改善。GPNMB-KO对照确证因果性。仅扣1分：未在tauopathy之外的模型（如PD）验证机制普适性。 |\n| **方法学** | **8/10** | 多层次证据：分子层面（蛋白复合物鉴定）、细胞层面（EV转移示踪）、整体动物（行为学）。GPNMB基因敲除是强有力的因果验证。Nature Neuroscience标准。扣分：未明确是否多tauopathy模型交叉验证；EV中线粒体的功能完整性表征可能有限。 |\n| **创新性** | **9/10** | **高度原创**。首次揭示小胶质细胞→星形胶质细胞的GPNMB依赖性线粒体EV转移机制，Tau-Parkin/Nix-GPNMB-线粒体轴此前未知。\"胶质细胞间线粒体捐赠\"概念在神经退行性疾病中极为新颖。 |\n| **可借鉴性** | **9/10** | 与用户研究方向**高度吻合**：EVs ✓、小胶质细胞 ✓、星形胶质细胞 ✓、神经退行性疾病 ✓。GPNMB-EV轴可直接作为PD研究切入点。虽然模型是tauopathy，但机制涉及的核心通路（神经炎症、胶质串扰、EV介导的线粒体转移）在PD中高度保守。 |\n| **临床转化** | **7/10** | GPNMB+EVs作为治疗载体的概念有潜力，但EV疗法的CMC（生产质控）、规模化、监管路径仍是行业瓶颈。GPNMB作为生物标志物更具近期可行性。tauopathy→PD的跨病种转化需额外验证。 |\n\n### 📊 总分：**42/50**\n\n---\n\n## 论文2: PMID 41856111 — Cell 2026\n\n> **\"Transplantation of encapsulated mitochondria alleviates dysfunction in mitochondrial and Parkinson's disease models.\"**\n\n### 各维度评分\n\n| 维度 | 评分 | 评语 |\n|------|------|------|\n| **逻辑完整性** | **9/10** | 逻辑链完整：线粒体功能障碍是PD核心病理→用红细胞膜包裹健康线粒体→高效递送→拯救功能。多终点（行为学+组织学+线粒体功能）形成收敛证据。仅扣1分：长期安全性和持久性数据尚缺。 |\n| **方法学** | **9/10** | **多物种验证（小鼠+猴）是重大亮点**，极大增强结论可靠性。红细胞膜包裹策略巧妙解决免疫原性和递送效率问题。Cell级别的方法学标准。扣分：脑部递送是否跨血脑屏障（BBB）的具体机制和效率数据待细化。 |\n| **创新性** | **8/10** | 红细胞膜包裹线粒体的工程化方法**工艺层面高度创新**。首次在灵长类PD模型中验证线粒体移植疗效。但线粒体移植概念本身有先例（McCully团队心脏缺血再灌注等），理论原创性略逊于论文1。 |\n| **可借鉴性** | **10/10** | 与用户方向**完美对齐**：PD为核心疾病模型 ✓、线粒体功能研究 ✓、可与EV研究互补（EV本身也可作为线粒体载体）✓。封装技术是平台型工具，可迁移至任何神经退行性疾病模型。 |\n| **临床转化** | **9/10** | **转化潜力最高**。红细胞膜自体来源→免疫相容性 ✓ 灵长类数据大幅降低转化风险 ✓ 线粒体移植已有早期临床经验（如儿科心肌病）✓ 路径清晰：封装优化→临床前毒理→Phase I。扣分：CNS靶向的BBB跨越仍是关键挑战。 |\n\n### 📊 总分：**45/50**\n\n---\n\n## 🏆 最终推荐\n\n| | 论文1 (Nat Neurosci) | 论文2 (Cell) |\n|---|---|---|\n| 逻辑完整性 | 9 | 9 |\n| 方法学 | 8 | 9 |\n| 创新性 | **9** | 8 |\n| 可借鉴性 | 9 | **10** |\n| 临床转化 | 7 | **9** |\n| **总分** | **42/50** | **45/50** |\n\n### 推荐：**论文2 (Cell, 45/50) > 论文1 (Nat Neurosci, 42/50)**\n\n**核心理由：**\n\n1. **疾病模型直接匹配**：论文2以PD为核心模型，与用户研究方向零距离；论文1是tauopathy模型，需额外验证在PD中的适用性。\n2. **灵长类数据是关键区分因素**：小鼠+猴双重验证使论文2的结论更稳健、转化风险更低。\n3. **平台型技术可组合性强**：红细胞膜线粒体封装技术可与用户的EV研究形成互补——EV本身即潜在的线粒体载体。\n4. **转化路径更清晰**：论文2的治疗策略（移植封装线粒体）相较于论文1（调控内源性GPNMB-EV轴），临床落地路径更短、更明确。\n\n**⚠️ 但请注意**：论文1在**创新性**上更胜一筹（9 vs 8），其发现的GPNMB-EV-线粒体转移新机制为该领域提供了全新的概念框架。如果用户更侧重**基础机制发现**而非**转化应用**，论文1的启发价值可能更高。建议两者均精读——论文2作为\"做什么\"，论文1作为\"为什么\"。", "exit_code": 0, "error": null}
assistant · 2026-06-12 15:10
**Step 4: Hermes最终判断**
Claude评分：两篇均达标（≥30）。我仔细权衡后**选定论文1 (PMID 42192197, Nat Neurosci)**——因为今天的主题是**外泌体/细胞外囊泡**，这篇论文的核心就是**小胶质细胞通过EVs转移线粒体给星形胶质细胞**，是纯粹的EV生物学+神经退行性疾病机制研究，完美贴合今日主题。论文2更多是工程化治疗平台，EV关联较间接。
现在进入**Step 5: 下载PDF + 提取Figure图片**。
tool · 2026-06-12 15:10
{"output": "=== Step 5: Download PDF ===\nPDF HTTP: 200, Size: 15753208 bytes\r\n\n=== Download Figures ===\nFig1 full URL: https://media.springernature.com/full/springer-static/image/art%3A10.1038%2Fs41593-026-02317-w/MediaObjects/41593_2026_2317_Fig1_HTML.png\nFig1: HTTP 200\n → Saved (2433584 bytes base64)\nFig2: HTTP 200\n → Saved (910364 bytes base64)\nFig3: HTTP 200\n → Saved (632868 bytes base64)\nFig4: HTTP 200\n → Saved (1052408 bytes base64)\nFig5: HTTP 200\n → Saved (877292 bytes base64)\nFig6: HTTP 200\n → Saved (525024 bytes base64)\nFig7: HTTP 404\n\n=== Check saved files ===\n-rw-r--r-- 1 forgase 197121 2433584 6月 12 15:09 /c/Users/forgase/fig1_b64.txt\n-rw-r--r-- 1 forgase 197121 910364 6月 12 15:09 /c/Users/forgase/fig2_b64.txt\n-rw-r--r-- 1 forgase 197121 632868 6月 12 15:09 /c/Users/forgase/fig3_b64.txt\n-rw-r--r-- 1 forgase 197121 1052408 6月 12 15:09 /c/Users/forgase/fig4_b64.txt\n-rw-r--r-- 1 forgase 197121 877292 6月 12 15:09 /c/Users/forgase/fig5_b64.txt\n-rw-r--r-- 1 forgase 197121 525024 6月 12 15:09 /c/Users/forgase/fig6_b64.txt\n-rw-r--r-- 1 forgase 197121 15753208 6月 12 15:09 /c/Users/forgase/paper_s41593_026_02317_w.pdf", "exit_code": 0, "error": null}
assistant · 2026-06-12 15:10
✅ PDF (15.7MB) + 6张Figure全部下载成功！现在进入**Step 6: 生成HTML深度解读**。
tool · 2026-06-12 15:10
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assistant · 2026-06-12 15:10
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assistant · 2026-06-12 15:10
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assistant · 2026-06-12 15:10
🔥 **15:00 外泌体/细胞外囊泡 论文推荐**
🏆 **Microglial mitochondria transfer to astrocytes via GPNMB-enriched extracellular vesicles alleviates cognitive deficits in tauopathy mice**
📅 2026-05-26 | 📰 **Nature Neuroscience** (IF ≈ 25)
⭐ **Claude评分：42/50**（9+8+9+9+7）
💡 **推荐理由：** 首次揭示小胶质细胞通过GPNMB富集的外泌体/细胞外囊泡(EVs)将线粒体"捐赠"给星形胶质细胞的分子机制。Tau切割→Parkin/Nix/GPNMB复合物→含线粒体EV分泌→星形胶质细胞功能改善→认知恢复。精彩的正反验证（GPNMB-KO消除EV分泌并加剧病理），完整EV生物学+神经炎症范式，与你的PD/小胶质细胞/外泌体研究方向高度契合！
📊 **五维评分：**
• 🧩 逻辑完整性 9/10 — gain+loss双验证，因果链条完整
• 🔬 方法学水平 8/10 — 基因敲除+EV示踪+活细胞成像+超分辨
• 💡 创新性 9/10 — 全新胶质细胞间线粒体EV转移范式
• 📐 可借鉴性 9/10 — 直接可迁移至PD/α-synuclein模型
• 🏥 临床转化 7/10 — GPNMB-EV治疗载体+GPNMB生物标志物
📁 **完整解读文件（含6张Nature Neuroscience原图）已生成**
MEDIA:C:\Users\forgase\Desktop\外泌体_GPNMB-EV_文献解读.html